Ich habe leider keine Ahnung welches Programm das kann, bzw. besser gesagt ob es überhaupt ein Programm gibt, dass so etwas kann. Das müsste man extra schreiben, wie Cy schon sagte.
Die Frage ist doch eher was genau du machen möchtest mit den Farben. Den Farbwert zu verändern ist ja schließlich nicht so einfach und kann von Pixel zu Pixel ganz unterschiedliche Ergebnisse (im sichtbaren Bereich) haben.
Bei Photoshop, und sicher auch bei GIMP hast du die Möglichkeit mehrere Bilder miteinander zu, na sagen wir verschmelzen. Photoshop bietet mehrere Möglichkeiten. Eine davon ist die Bilder, man spricht dann von Ebenen, ineinander zu kopieren. Dabei lässt sich die Deckkraft des neu hinzukopierten Bildes verändern, die Lichtverhältnisse, die Farbeintensität, die Helligkeit und auch die Dunkelheit (ums mal so zu sagen) usw.
Wenn du also aus mehreren identischen Bildern eines machen willst, das die Vorzüge jedes einzelnen in sich vereint, dann kannst du das so manuell machen. Oder mit einem Automatismus, der die diversen Bilder, sogar wenn sie nicht ganz deckungsgleich sind, so gut als möglich miteinander verbindet. Wenn man das richtig macht, dann erhöht sich sogar die Klarheit, weil man die Pixeldichte erhöhen kann. So machen z.Bsp. manche Handyknipser aus ihren mauen Bildern wahre Schmuckstücke, die auch bei größerer Auflösung sehr detailreich sind.